God Eater 2: Rage burst speelt zich drie jaar af na de gebeurtenissen van God Eater: Resurrection, een mysterieuze rode regen zorgt een een epidemie die ook wel de zwarte plaag word genoemd, zonder een medicijn is er een 100 procent kans op sterven zo gauw je geïnfecteerd wordt . Als spelen ben je een lid van het speciale team genaamd “Blood” die er op uit trekken om mensen te helpen en de ziekte te onderzoeken. Vecht tegen grote monsters en werk samen met je team om te overleven!